医学院成立于2019年10月，2020年9月正式一本招生，现设有护理学、医学检验技术2个本科专业，现有全日制在校生486人。学院依托学校传统优势专业，现拥有一支结构合理、专兼结合的师资队伍，现有教职工34人，其中教授3人，博士11人，硕士20人，外聘阜阳市人民医院、阜阳市第二人民医医院、阜阳市第三人民医院、阜阳市第五人民医院、阜阳市第六人民医院、阜阳肿瘤医院38名专家教授担任部分专业课教师，拥有附属医院4个，教学医院12个，为教学科研、学生实习就业创造了有利条件。

建院以来，学院始终围绕我校特色鲜明的高水平师范大学的办学定位，与学院内涵发展紧密结合，与学院特色办学凝练紧密结合，着力推进学院办学质量和办学水平的提升，安徽省构建以阜阳市建设皖北医疗服务区、区域医疗中心的契机，整合区域医学学科资源，加大校地协同，深化医教融合，高水平推进医学教育共同体建设，着力改善办学条件。目前已在上海交通大学附属胸科医院、上海交通大学附属儿童医院、上海中医药大学附属普陀医院、武警部队上海市总队医院、浦东新区公利医院、静安区闸北医院等6家医院为教学实习医院，三年来，获安徽省高校青年教师教学竞赛省级奖项4人次，校级教学比赛奖项8人次，省级课题立项4项，横向课题52项，发表二类以上论文7篇，指导学生参加职业生涯规划大赛获省级金奖1项，校级金奖、银奖各一项；参加“挑战杯”省级比赛获铜奖2项，校级奖项3项；“互联网+大学生创新创业大赛”获省级铜奖1项，校级金奖2项，校级银奖5项、铜奖7项；“双百大赛”获省级优秀奖1项；大学生讲思政课比赛获校级二等奖1项、大学生团课宣讲比赛获校级二等奖1项，学生参加大学生创新创业计划训练项目国家级2项、省级项目2项，科研立项2项、参加附属第一医院横向课题29项，下一步，学院将进一步优化学科布局，形成一定的学科品牌特色，旨在培养立足皖北、服务安徽、融入长三角的专业医疗卫生人才。

截止目前，拥有附属医院4所，分别是阜阳师范大学附属第一医院（阜阳市妇女儿童医院），又名阜阳市第六人民医院，前身是阜阳市妇幼保健医院，建院于1980年，目前是一所集医疗、教学、科研、预防、急救、康复、健康促进为一体的以妇幼为特色的三级公立医院。是国家爱婴医院、先天性结构畸形救助项目定点机构、安徽省无痛分娩医院、安徽省儿童康复定点机构、安徽省“明天计划”定点救治单位。与上海市儿童医院、复旦大学附属妇产科医院、上海市第九人民医院眼科、安徽省妇幼保健院、安徽省儿童医院等省内外三甲医院建立专病专科紧密型医联体合作模式，成立上海市儿童医院小儿骨科应灏主任工作室、复旦大学上海华山医院消化科刘杰教授工作室、安徽医科大学第一附属医院乳腺外科王本忠教授工作室、中国科技大学附属第一医院耳鼻咽喉头颈外科孙敬武教授工作室、安徽医科大学第二附属医院超声医学科姜凡教授工作室。

阜阳师范大学附属第二医院（阜阳市第五人民医院），始建于1953年，前身是原县级阜阳市人民医院，是一所集医疗、教学、科研、预防保健为一体的国家三级综合性医院，医院由新区（北区）、老区（南区）组成，北区占地面积约110亩，建筑面积15.34万平方米，开放床位1080张，医院先后荣获“国家级爱婴医院”、“全国综合医院中医药工作示范单位”、安徽省“医德医风示范医院”、“安徽省诚信医院”、“ 安徽省健康服务业十佳创新单位”、阜阳市科技进步先进单位。

阜阳师范大学附属肿瘤医院（阜阳市肿瘤医院），医院创建于1949年，1989年改建为以肿瘤防治为特色的综合性医院，1995年被卫生部授予“二级甲等医院”。2007年被卫生部定为“淮河流域癌症综合防治—肝癌筛查、早诊、早治”定点单位；2008年被卫生部定为“肿瘤早诊、早治、普查定点单位”； 2010年8月被阜阳市组织部人才工作领导小组授予“阜阳市首批产业创新团队”、“阜阳市肿瘤医院肿瘤微创治疗创新团队”；2011年被卫生部疾病预防控制局、国家癌症中心、安徽省卫生厅授予“淮河流域癌症早诊早治示范基地”。2020年6月医院取得三级医院执业许可证。2021年被授予“国家防治卒中中心”称号，并入选首批全国27家肿瘤服务与管理能力建设试点医院之一。阜阳市抗癌协会设在医院；阜阳市肿瘤内科质控中心挂靠医院。

阜阳师范大学附属阜南医院（阜南县人民医院），阜南县人民医院始创于1949年，目前已发展为集医疗、预防、科研、教学为一体的三级综合医院，现有职工1500余人，编制床位1000张。设有29个临床科室和检验科、放射科、介入科、磁共振室、CT室、超声科、心电图室、电子胃镜室、病理室等医技科室以及120急救中心，医院始终坚持“以人为本、病人至上”的服务宗旨，把社会效益放在首位，实施科技兴院战略，改革创新医共体工作，努力营造安定、和谐的就医环境，用比较低廉的费用为患者提供比较优质的医疗服务，努力满足人民群众基本的医疗服务需求。